Según el medio, el error salió a la luz cuando la profesora finlandesa Eva Johanna Holmberg, que se encuentra legalmente en el Reino Unido, recibió uno de estas misivas.
El Ministerio del Interior aseguró al diario británico que las cartas se enviaron por error.
"Un número limitado de cartas se mandó por un error, estamos estudiando con urgencia por qué ocurrió", dijo un portavoz del Ministerio británico.
El funcionario confirmó que "los derechos de los ciudadanos de la UE que permanecen en el Reino Unido siguen sin modificaciones".
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El director ejecutivo del grupo proeuropeo "Britain Stronger in Europe" (Reino Unido es más fuerte en Europa), James McGrory, calificó el error de "vergonzoso".
"No es sorprendente que muchos ciudadanos de la UE se sientan preocupados por su futuro estatus en el Reino Unido si personas que gozan de todos los derechos reciben cartas con amenazas de deportación", dijo citado por la cadena BBC.
El divorcio entre Londres y Bruselas, conocido como el Brexit, fue activado oficialmente el pasado 29 de marzo.
A finales de junio pasado la primera ministra británica, Theresa May, condicionó las garantías de los derechos de los ciudadanos de la UE en el Reino Unido a medidas similares por parte de Bruselas.
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La Unión Europea se mostró insatisfecha por la propuesta de Londres alegando la falta de garantías suficientes.