"Vamos a permanecer en el mar Egeo el tiempo que sea necesario", dijo Stoltenberg en una rueda de prensa en Ankara.
Tras remarcar que a día de hoy el flujo de inmigrantes se redujo, advirtió que "los traficantes siguen tratando de llevar gente a través del mar".
El bloque militar lanzó en febrero pasado una operación en la zona para detener la ola de refugiados que huyen de las guerras en sus países de origen.
Según datos de la Organización Internacional de Migración, en el 2015 más de 847.000 solicitantes de asilo de Siria y otros Estados arribaron por vía marítima a Grecia, y 805 perecieron ahogados en el mar Egeo.
Por su parte, la agencia Frontex cifró en 3.500 el número de personas que murieron en el intento de cruzar el mar Mediterráneo para llegar a Europa.
El año pasado los países comunitarios recibieron un total de 1,8 millones de refugiados, lo que supone la peor crisis migratoria desde el fin de la Segunda Guerra Mundial, según la Comisión Europea.