El jefe del Gobierno griego vino esta vez acompañado de seis ministros y un viceministro para mantener el segundo encuentro con ministros israelíes.
Grecia siempre había mantenido lazos estrechos con los palestinos y se esperaba que el líder de Syriza, un partido de izquierdas, mantuviera esta línea.
Atenas llegó a presionar la semana pasada a sus socios europeos para que suavizaran una resolución sobre Oriente Medio en la que la UE llamaba a diferenciar entre Israel y los asentamientos judíos a la hora de aplicar sus acuerdos con Israel.
Chipre, otro de los países de la UE que apoya a Israel, acogerá este jueves a Tsipras y Netanyahu en una cumbre trilateral en Nicosia, la capital chipriota.
"Nuestra cooperación con Grecia y Chipre se mantiene por sí misma. Creemos que tendría que haberse producido hace ya un tiempo, pero estamos satisfechos del progreso actual", dijo Netanyahu tras su encuentro con Tsipras en Jerusalén.
Los dos mandatarios mandaron un mensaje a Turquía para dejarle claro que el acercamiento entre Grecia e Israel no va contra Turquía, con la que los israelíes mantienen unas relaciones muy tensas que los dos países están intentando normalizar.
Las relaciones entre Israel y Turquía resultaron muy dañadas por el asalto de las fuerzas israelíes a la primera Flotilla de Gaza, en el que los israelíes mataron a nueve activistas turcos que iban a bordo de uno de los barcos de la expedición.
El acercamiento de Grecia a Israel preocupa a los palestinos, que lo atribuyen a cuestiones económicas.
Los seis ministros que acompañaron a Tsipras en su visita a Israel firmaron diversos acuerdos bilaterales sobre turismo, seguridad pública, desarrollo de infraestructuras, seguridad viaria, agua y la preparación de diplomáticos.