En las fosas estarían enterrados centenares de soldados —se calcula que podrían ser unos 1.700- asesinados por el grupo yihadista.
Las tumbas se encuentran cerca de la antigua base militar de EEUU, en el campo Speicher.
El pasado junio, los yihadistas publicaron vídeos y fotos de la ejecución de los soldados, en su mayoría chiítas, en las redes sociales.
Los supervivientes explicaron que los combatientes preguntaron a las víctimas su identidad y averiguaron quienes eran chiítas para asesinarlos.
Las exhumaciones han comenzado pocos días después de que Tikrit cayera tras una ofensiva del Ejército iraquí y las milicias chiítas, tras un largo asedio de meses.
La ofensiva se lanzó el 2 de marzo para recuperar Tikrit y en ella participaron unos 30.000 combatientes, dos tercios de ellos de la Movilización Popular, una fuerza integrada por decenas de milicianos chiítas y respaldada por Irán.
Se espera que el Ejército iraquí centre su atención en la ciudad de Mosul, a unos 225 kilómetros más al norte, a lo largo del río Tigris.
Para identificar a las víctimas se están utilizando pruebas de ADN.
Muchas familias no saben si sus parientes se encuentran o no entre los ejecutados, por lo que las familias están presionando al Gobierno iraquí para que acelere la identificación de los cuerpos.
Algunas de las fosas se encuentran en el complejo presidencial del expresidente iraquí Saddam Hussein, que se convirtió en el cuartel general del EI después de que tomara la ciudad el año pasado.
