La orden del arresto fue emitida este 25 de septiembre por un tribunal regional de Makati que lleva el caso de The Manila Peninsula, por el que Trillanes fue acusado de rebelión.
El presidente ordenó al Departamento de Justicia y las Fuerzas Armadas retomar los casos penales y administrativos contra Trillanes que había encabezado el llamado "motín de Oakwood" en 2003 —la ocupación de una torre residencial por un grupo de militares que protestaban por la corrupción en el gobierno de la entonces presidenta Gloria Macapagal-Arroyo— y el sitio del hotel The Manila Peninsula, organizado con el mismo propósito en 2007.
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El senador, de 47 años, califica la revocación de la amnistía como "un claro caso de persecución política".