"Los sistemas rusos estarán totalmente bajo nuestro control, no serán integrados en el sistema de defensa antiaérea de la OTAN", dijo Cavusoglu a la prensa en Riga.
Aseguró que no obstante los temores de Washington, los S-400 no representarán amenaza para los aviones estadounidenses.
"No soy ingeniero pero hay especialistas y que sean ellos los que discutan ese tema, propusimos a los estadounidenses crear un grupo de contacto para ello", añadió el canciller turco.
Previamente, Turquía declaró que no piensa retractarse del contrato de 2.500 millones de dólares, suscrito con Moscú en diciembre de 2017, y que la primera partida de los S-400 debe llegar en julio.
La Casa Blanca, que busca venderle a Turquía las baterías antiaéreas Patriot, alega que los equipos rusos son incompatibles con los estándares de la OTAN.
El S-400 (SA-21 Growler en la clasificación de la OTAN) es capaz de abatir aparatos aéreos de tecnología furtiva, misiles de crucero, misiles balísticos tácticos y táctico-operativos.
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Con un alcance de hasta 400 kilómetros, el equipo ruso puede destruir blancos a alturas de hasta 30 kilómetros.