La propia finca existe desde el siglo XVII. El museo se estableció en 1921, un decenio después de la muerte de Tolstói.
Durante la Segunda Guerra Mundial los objetos del museo se evacuaron a Tomsk, y la misma finca estuvo ocupada por los alemanes durante alrededor de 40 días. Los nazis la convirtieron en su cuartel y utilizaron los muebles, los cuadros y los libros para encender la chimenea.
El 15 de diciembre de 1941, una vez liberados los edificios, los restauradores empezaron a renovar la finca.
En mayo de 1942 el museo volvió a funcionar.
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Hoy en día Yásnaya Poliana es un complejo museístico, formado por varios edificios y sucursales.