Según el informe que la Comisión elaboró en 2003, la Administración Federal de Aviación (FAA) y el NORAD (el Mando Norteamericano de Defensa Aérea) habían desarrollado para aquel entonces un protocolo en caso de que una nave fuese secuestrada.
El informe, al que ha tenido acceso Daily Express, señala que, según la FAA, el piloto de la aeronave debía notificar al controlar por radio o 'gritando' un código por el transpondedor: el 7500; código universal a activar en caso de secuestro a bordo.
"Los controladores debían avisar a sus supervisores, quien, a su vez, debían informar a la administración en lo más alto de los cuarteles de la FAA en Washington", cita el periódico. Pero no lo hicieron: los pilotos no los avisaron porque "los protocolos en vigor el 11 de septiembre para que la FAA y el NORAD respondieran a un secuestro presuponían que la aeronave secuestrada sería fácilmente identificable y no intentaría desaparecer".
Existen varias versiones. Por ejemplo, Daily Express cita al expolítico y escritor David Icke quien en su nuevo libro The Trigger pregunta por qué este código no se usó antes de que el avión desapareciera, destacando que los pilotos deberían haber reaccionado más rápido a la situación y levantado las alarmas recurriendo a su entrenamiento.
Mientras tanto, el informe de la Comisión por su parte indica que los protocolos establecidos tenían la culpa y no los pilotos, ya que disponían de poco tiempo para abordar el problema.
Su entrenamiento suponía que se usaría la forma tradicional de secuestro, no estaban preparados para que el avión "se convirtiera en un misil guiado", concluye el artículo.