"En virtud del Derecho Internacional, el mar de Azov es una zona de navegación común y se debe prohibir a Rusia la construcción del puente", dice el texto de la petición.
Para que el documento sea admitido a trámite, debe recibir el apoyo de 25.000 personas.
Con anterioridad, el portavoz del Kremlin, Dmitri Peskov, comentó que las autoridades rusas examinaron todos los aspectos desde el punto de vista del Derecho Internacional.
El costo estimado de la obra ronda los 228.000 millones de rublos o unos 5.700 millones de dólares.
Crimea se separó de Ucrania y se incorporó a Rusia tras celebrar en marzo de 2014 un referéndum en el que la mayoría aplastante de los votantes avalaron esta opción.
Kiev no reconoció los resultados de la consulta popular ni la incorporación de la península a Rusia, considerándola territorio bajo ocupación temporal rusa.