"La hipótesis sobre una explosión en el avión no se basa en hechos", dijo el ministro en un comunicado al que tuvo acceso RIA Novosti.
Subrayó que el equipo de investigadores que se ocupa del asunto no ha dado con ninguna prueba que pueda confirmar esta versión.
Egipto informó a Rusia sobre las medidas adoptadas para reforzar la seguridad en sus aeropuertos tras el siniestro del A321.
Según el jefe de la Agencia de Turismo Rosturism, Oleg Safonov, la seguridad fue reforzada no solo en la ciudad de Sharm el Sheikh, sino también en otros balnearios.
Los 217 pasajeros y siete tripulantes que se encontraban a bordo fallecieron en este siniestro, el peor de la historia de la aviación rusa.
El ministro británico de Exteriores, Philip Hammond, anunció la noche del miércoles que el Reino Unido suspende los vuelos con Sharm el Sheikh y desaconseja a sus ciudadanos viajar al destino egipcio.
Londres optó por esta medida al considerar probable la hipótesis de un atentado como causa del siniestro del avión ruso en Egipto.
Horas antes, un funcionario de la Inteligencia de EEUU citado por la CNN dijo que el accidente fue probablemente provocado por la explosión de una bomba colocada por el grupo yihadista Estado Islámico o una de sus filiales.