Núñez preside dicho cuerpo legislativo, y en calidad de tal adelantó que la fecha de cierre prevista inicialmente para diciembre de 2017 será prorrogada al menos por otros tres meses. La comisión fue conformada a pedido del oficialista Frente Amplio (FA) en noviembre de 2016. El disparador fue el hallazgo de un archivo de 60 cajas en la casa del coronel retirado Elmar Castiglioni, tras su deceso en 2015. Este material se sumó a lo encontrado por el FA a partir de su llegada al poder en 2005.
"Lo que estamos intentando desasnar es por qué tuvieron la convicción de espiar a partidos políticos, organizaciones sociales, a sindicatos, periodistas, personas en general. Queremos saber cuáles fueron los factores de riesgo para la Inteligencia militar", destacó Núñez al referirse al fin de la comisión. La investigación incluye el análisis desde más de tres millones de documentos.
"Aparece un documento que se titula ' El funcionamiento de la CIA en Uruguay ' , donde se establece que los informantes no solo eran pagados con efectivo sino que también, como recompensa por esta información, recibían viajes al exterior, vacaciones para ese informante y su familia, compra de casas… en fin hay un conjunto de situaciones que se van dando como forma de pago que no es siempre es dinero", remarcó Núñez.