"No se corresponde a la realidad", dijo Suga al comentar la publicación en el periódico Sankei.
A la vez, el portavoz del Gobierno japonés subrayó la necesidad de "promover el diálogo con Rusia en la esfera de la seguridad".
El periódico Sankei publicó que Rusia y Japón prevén reanudar las negociaciones entre sus cancilleres y los ministros de Defensa, suspendidas desde 2013.
Según la edición, los altos funcionarios se reunirían a principios del año que viene para abordar asuntos de seguridad, el programa nuclear y de misiles de Corea del Norte, ejercicios militares y operaciones de rescate conjuntos, y medidas antiterroristas y contra la piratería.
El formato del diálogo estratégico entre Rusia y Japón fue puesto en marcha en enero de 2007 pero, tras celebrar un total de 11 reuniones, se interrumpió en febrero de 2013.