Durante la Segunda Guerra Mundial su familia huyó de Estonia a Austria, primero a Viena y luego al Tirol.
Luego se trasladó a Viena, donde continuó su carrera universitaria.
Entre 1980 y 2009 se desempeñó como profesor de la Universidad de Viena.
A mediados de los años 1970 Van der Bellen ingresó en el Partido Socialdemócrata de Austria (SPÖ), que más tarde abandonó.
Entre 1994 y 2012 fue miembro del Consejo Nacional de Austria (Cámara Baja del Parlamento).
Entre 1997 y 2008 Van der Bellen se desempeñó como representante federal de los Verdes en el Parlamento.
El presidente electo fue, entre 2012 y 2015, miembro del Landtag (Asamblea regional) y del Consejo urbano de Viena.
Tras obtener el 21,3% de los votos en la primera ronda Van der Bellen pasó a la segunda vuelta.
El 22 de mayo 2016 ganó la segunda vuelta de las elecciones, tras obtener el 50,3% de los votos y dejando atrás al candidato del Partido de la Libertad de Austria (FPÖ, de extrema derecha), Norbert Hofer.
Sin embargo en julio pasado el Tribunal Constitucional anuló los resultados de la votación a causa de numerosas irregularidades en el recuento de los votos y fijó las nuevas elecciones en el 2 de octubre, fecha que luego aplazó para el 4 de diciembre.
En los comicios del 4 de diciembre Van der Bellen fue elegido presidente de Austria.
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El nuevo presiente austriaco está casado y tiene dos hijos del primer matrimonio.
