"Espero que comprendan que hemos presentado una protesta", dijo Kishida en una reunión del comité parlamentario de seguridad, según recoge la agencia Kyodo.
Horas previas el primer ministro Shinzo Abe informó también que su Gobierno había transmitido su malestar por los canales diplomáticos.
Rusia y Japón continúan técnicamente en guerra desde 1945; el tratado de paz todavía es un asunto pendiente.
Tokio condiciona su firma a la devolución de las cuatro islas del archipiélago de las Kuriles (Iturup, Kunashir, Shikotan y Habomai) alegando el Tratado Bilateral de Comercio y Fronteras que suscribió con Rusia en 1855.
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Moscú, a su vez, señala que estos territorios fueron traspasados a la Unión Soviética tras la Segunda Guerra Mundial en virtud de acuerdos internacionales y que Rusia asumió la soberanía de dichos territorios como sucesora legal de la URSS.