Su proceso por presunta apropiación indebida de fondos públicos tenía que repetirse.
Alaa y Gamal están en la cárcel desde 2011, tras la revolución que derrocó a su padre.
El tribunal apuntó a una posible liberación completa.
El Tribunal de Casación de Egipto había ordenado este mes la repetición del juicio en la causa contra los Mubarak por apropiación indebida de 125 millones de libras egipcias (unos 17 millones de dólares), del presupuesto de los palacios presidenciales.
El abogado de Alaa y Gamal, Farid el Dib, pidió que los liberaran porque se había cumplido el plazo de prisión a la espera de juicio.
En el primero, el tribunal declaró falta de pruebas y en el segundo, que el delito había prescrito.
Se desconoce el lugar donde se encuentran ahora Alaa y Gamal Mubarak, pero el tribunal ha decretado que tienen que estar localizables.