Según la fuente, hombres armados dispararon desde una motocicleta en un túnel en el sur de Saná, contra el auto en el que viajaba el ministro con su hija.
El ministro murió en un hospital y su hija resultó gravemente herida a causa del ataque.
Los hutíes del movimiento Ansar Alá acusaron a los partidarios del presidente de Yemen, Abdo Rabu Mansur Hadi, del asesinato del ministro.
"El asesinato del ministro Hassan Zeid es un crimen en el marco de los planes del enemigo para destruir líderes y cuadros nacionales", dice el comunicado del Ministerio del Interior difundido por los medios controlados por los hutíes.
Añade que el Ministerio inició una investigación sobre el accidente para llevar a los responsables ante la justicia.
En marzo de 2015 intervino en el conflicto, del lado de Hadi, una coalición militar suní liderada por Arabia Saudí, que incluye a los Emiratos Árabes Unidos y otros países árabes.
En respuesta a los permanentes bombardeos aéreos de la coalición contra los territorios del norte de Yemen controlados por los hutíes, los rebeldes atacan los distritos saudíes limítrofes con Yemen, en particular los aeropuertos y la infraestructura petrolera.