"La alarmante escalada de violencia que se observó la pasada noche cuando varias personas murieron y muchas resultaron heridas causa una seria preocupación", dice el comunicado.
Según el ministerio, semejantes medidas, que amenazan la vida de los inocentes, "no se pueden justificar".
Alemania reiteró su posición que consiste en que Israel tiene el derecho para defenderse y responder en caso de ser atacado.
A la vez puso de relieve la importancia de impedir una escalada de tensiones en el futuro.
"Nadie quiere que la Franja de Gaza y el sur de Israel se conviertan en un escenario de un conflicto militar a gran escala", señala el comunicado.
Vídeo: Israel destruye dos cohetes de los ocho lanzados por radicales palestinos contra el sur del país
Berlín instó a los actores capaces de influir en la situación impedir una escalada de tensiones.
Según el Ejército, las milicias palestinas dispararon unos 180 proyectiles desde la pasada noche, de los que 30 fueron interceptados por el sistema antimisiles Cúpula de Hierro.
Los médicos palestinos han informado de al menos tres muertos, mientras que Israel reportó siete civiles heridos.
El último enfrentamiento a gran escala tuvo lugar hace cuatro años, en julio-agosto de 2014.
