Los choque se desarrollaron después de la oración del mediodía en las mezquitas en protesta por el reciente anuncio del presidente Donald Trump de que Estados Unidos considera que Jerusalén es la capital de Israel.
Los militares usaron balas de goma y granadas de humo para dispersar a los congregados.
Los manifestantes arrojaron piedras y cócteles molotov contra los soldados.
En Jerusalén también hubo choques a la salida de las mezquitas.
En la ciudad vieja, en la Puerta de Damasco, soldados y policías golpearon a los manifestantes y los dispersaron con medios antidisturbios.
En Belén hubo choques cerca de la Tumba de Raquel, un lugar sagrado para las tres religiones monoteístas que está bajo control israelí.
En Hebrón los principales choques se desarrollaron en Bab al Zawiya, en el centro de la ciudad, al tiempo que la manifestación más numerosa partía de la mezquita Hussein ben Ali.
En la Franja de Gaza participaron en las protestas "cientos de miles" de palestinos al término del rezo del mediodía, dijeron fuentes locales.
Dirigentes palestinos de Gaza habían convocado la "marcha del millón" de manifestantes para protestar por la reciente declaración de Trump sobre Jerusalén.
Israel considera que Jerusalén, incluidos los barrios orientales que reclaman los palestinos, es su capital "única e indivisible".
Por el momento, todas las embajadas extranjeras se encuentran en Tel Aviv para evitar tomar parte en la disputa entre israelíes y palestinos.
