Según el servicio de prensa del Gobierno, Abadi hizo está declaración en una reunión con el vicepresidente de Irán, Eshaq Jahangiri.
"No aceptaremos nada más que la cancelación del referéndum y el respeto a la Constitución", dijo Abadi.
El 16 de octubre los militares iraquíes tomaron el control de la ciudad de Kirkuk y una serie de centros estratégicos en la provincia homónima controlada desde 2014 por los peshmerga, fuerzas de autodefensa kurdas.
Además, las autoridades de la autonomía expresaron su disposición a suspender los resultados del referéndum independentista.
La declaración señala que los confrontaciones entre las tropas iraquíes y los peshmerga causaron daños a ambas partes y podrían conducir a un continuo derramamiento de sangre.
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El conflicto entre Bagdad y el Kurdistán iraquí se agudizó tras el referéndum del 25 de septiembre, en el que un 93% de los electores, según datos oficiales kurdos, votó por separarse de Irak y proclamar la independencia.