El niño fue arrestado a las 7.30 de la tarde y no fue liberado hasta las 3.30 de la mañana.
Según la ley, los menores de 12 años, edad a la que empieza la responsabilidad penal en Israel, no pueden ser detenidos.
Durante su arresto no le permitieron ver a sus padres, estuvo horas en dentro de un coche policial y lo interrogaron, haciéndole preguntas como si quería "ser un mártir", en referencia a los palestinos que se inmolan en ataques suicidas.
Los policías que lo detuvieron junto a su hermano de 12 años eran agentes encubiertos que alegaron que los dos niños habían lanzado piedras contra un autobús.
Los dos niños fueron trasladados por un coche policial a dependencias de la Policía Nacional, donde algunos de sus familiares los vieron en el vehículo en el aparcamiento que hay junto a la sede de la policía.
A las 11.30 de la noche, los niños fueron trasladados a la comisaría de Shalem.
A las 3.30 de la madrugada, los agentes liberaron al niño de seis años, pero retuvieron al de 12 y solicitaron al juez poder mantenerlo detenido durante tres días; el letrado, no obstante, ordenó liberarlo con restricciones.
El día anterior, los primos de estos dos hermanos, de 13 y 15 años, también fueron arrestados.
La policía ha explicado que los hermanos de 6 y 12 años estaban acusados de "haber lanzado piedras contra un autobús".
"Inmediatamente se los apartó de la zona para evitar que alteraran más el orden", ha indicado la policía.
Los agentes citaron a los padres de los niños para que se presentaran en las instalaciones policiales y "tras una investigación, el menor que tiene una edad inferior a la de responsabilidad penal fue puesto en libertad y se transmitió un informe sobre él a las autoridades de bienestar social".