La agencia, que depende del alcalde de Londres, considera que la empresa estadounidense "no es apta ni apropiada" para gestionar sus operaciones.
"Seguridad es nuestra prioridad absoluta", recalcó la directora de licencias en TfL, Helen Chapman, al confirmar la decisión.
TfL justificó su decisión de no renovar el contrato con Uber en una serie de irregularidades detectadas en los dos últimos años.
El ente considera que más de 14.000 trayectos fueron realizados por conductores sin la debida autorización entre finales de 2018 y principios de este año, "arriesgando la seguridad del pasajero".
Uber tiene un plazo de 21 días para apelar la decisión del ente municipal.
Un recurso judicial anterior le permitió mantener el servicio activo pese a la negativa de la agencia dependiente del alcalde de Londres, el laborista Sadiq Khan.