El comisario subrayó que "la colaboración entre la UE y Turquía es a largo plazo y va más allá de la migración".
"Todas las partes están interesadas en preservar y fortalecer esta cooperación", insistió.
Los países de la UE y Ankara suscribieron a mediados de marzo de 2016 un plan conjunto para detener la ola de refugiados que buscaban entrar en Europa.
El acuerdo permite a la UE devolver a Turquía a los refugiados que lleguen a Grecia a cambio de reubicar el mismo número de sirios.
La Comisión Europea sugirió en mayo al Parlamento Europeo y al Consejo de la UE levantar las restricciones para los viajes de los ciudadanos turcos.
Alemania, Austria, los Países Bajos prohibieron intervenciones de políticos turcos en sus territorios, de cara al referéndum que Turquía celebrará a mediados de abril y que se centrará en el cambio del régimen parlamentario del Gobierno turco por el presidencial.
Ankara respondió suspendiendo todos los contactos políticos de alto nivel con Ámsterdam y comparando las acciones de Berlín con "las prácticas de los nazis en el pasado".
Además, el presidente turco, Recep Tayyip Erdogan, declaró el pasado sábado que su país podría celebrar un referéndum sobre la necesidad de continuar negociaciones respecto a la adhesión a la UE.