La decisión fue tomada por la policía y el servicio fronterizo del país, según el medio.
El proyecto costará 71 millones de euros y se planea que la construcción empiece en 2018.
A lo largo de la frontera se instalarán las cámaras de vigilancia, además se organizará el patrullaje con drones.
Por su parte, la diputada rusa Irina Yarovaya, jefa del Comité para la seguridad y la lucha anticorrupción de la Duma rusa, opina que de este modo las autoridades estonias pretenden "crear una reserva para sus propios ciudadanos".
"Es muy democrático. ¿Para qué ahorrar entonces? Mejor levantar un muro de cinco metros y por 142 millones de euros para que nadie lo salte", dijo.
La frontera terrestre entre Rusia y Estonia es de 138 kilómetros, la marítima es de 322 kilómetros.