El organismo, responsable de todas las cuestiones que estén relacionadas con las elecciones, señala que el objetivo de esta orden es preservar la neutralidad en campaña electoral.
Según los datos de la Junta, hay 394 esteladas en hasta 323 municipios catalanes.
"Abstenerse de colocar, en edificios públicos y locales electorales, símbolos que pueden considerarse partidistas y deben retirar los que se hubieran colocado antes de la convocatoria electoral", explica la Junta en un comunicado, añadiendo que este criterio "resulta aplicable a las banderas objeto de consulta".
Los partidos independentistas se han mostrado indignados con esta orden y algunos de ellos llaman a la "desobediencia".
Esquerra Republicana de Catalunya (ERC) pidió en las redes sociales a los Ayuntamientos que coloquen esta bandera el día de las elecciones, como respuesta a la prohibición.
La formación independentista Candidatura d'Unitat Popular (CUP), también decidió desobedecer a la Junta y colgó una estelada en el Ayuntamiento de Girona.
"Desobedezcamos solemnemente", dijo David Fernández, diputado de este partido.
Desde la eclosión del movimiento independentista en Cataluña es muy común ver por las calles y casas catalanas esta bandera, sin embargo, esta orden está dirigida a los edificios públicos a petición de la entidad antisecesionista Societat Civil Catalana (SCC), que solicitó que fuesen retirados en campaña.
Los alcaldes que se nieguen a retirar estas banderas pueden enfrentarse a sanciones que pueden llegar hasta los 1.000 euros, aunque es probable que algún partido recurra la decisión de la Junta.