Cinco personas están inconscientes, añade el medio.
Se informa de destrucciones en distintas áreas del país.
En la prefectura de Hiroshima la corriente de un río desbordado arrastró un puente ferroviario.
En Okayama, donde el agua subió hasta la primera planta y más arriba, los residentes piden ayuda en los techos de las viviendas.
Según anunció el Gobierno japonés, en estos momentos 48.000 militares, policías y bomberos participan en una operación para rescatar a los afectados por las lluvias torrenciales.
La Agencia Meteorológica de Japón declaró alerta máxima en siete prefecturas.
El primer ministro, Shinzo Abe, calificó la situación como "muy grave".