"Tenemos por lo menos 11 muertos y 41 heridos", dijo el portavoz de la policía local, Frans Barung Mangera, al diario The Jakarta Globe.
Más temprano se informó de nueve víctimas mortales y 40 heridos.
La primera explosión tuvo lugar antes de la segunda misa matutina en la Iglesia de Santa María Inmaculada.
Los heridos están siendo tratados en varios hospitales de la ciudad, la segunda más grande de Indonesia
El guardia de la Iglesia de Santa María dijo haber visto a una mujer sospechosa que, junto con dos hijos, se aproximó al recinto con dos bolsas e intentó abrirse paso antes de que se produjera una explosión, pero la policía rehusó por el momento confirmar esa pista.
"Se están explorando todas las hipótesis", dijo Mangera.
Después de las explosiones, la policía ordenó el cierre de todas las iglesias de Surabaya mientras continúa la investigación.
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Por su parte, la Comunión de Iglesias de Indonesia (PGI) llamó a los feligreses a mantener la calma.
"No debemos tener miedo frente a las amenazas terroristas. Debemos dejarlo en manos del gobierno ", dice el comunicado, citado por el diario The Jakarta Post.
El presidente de Indonesia, Joko Widodo, y el jefe de la Policía Nacional, general Tito Karnavian, se trasladaron a Surabaya varias horas después de los ataques.
Widodo calificó los atentados como "verdadera barbarie", al señalar que entre las víctimas hay miembros de la comunidad, agentes de policía e incluso niños.
"Vamos a destruir la base del perpetrador y sus partidarios. El terrorismo es el enemigo de todas las religiones", manifestó el mandatario durante un acto público en Surabaya.
