Avisos de radio y televisión, altavoces en edificios y en autos oficiales convocaron para las 14:46 (5:46 GMT) un minuto de silencio en recuerdo a las 15.895 personas que, según la Agencia Nacional de Policía, fueron confirmadas como muertas en 12 prefecturas del este del país.
Nueve de cada diez víctimas no fueron resultado del sismo de magnitud 9,0 sino del tsunami que le siguió.
El tsunami golpeó las áreas costeras con olas de más de diez metros de altura, inundó cuatro de los seis reactores nucleares de la planta de Fukushima I y provocó fallos en los sistemas de refrigeración que derivaron en el peor accidente nuclear después de Chernóbil.
Según varias estimaciones, Japón tardará casi 40 años en recuperarse completamente de la tragedia.
El primer ministro Shinzo Abe, al intervenir este domingo en un acto conmemorativo, aseguró que la restauración de un 90% de las viviendas se completaría en las próximas semanas.
"Nos enfocaremos en acelerar las obras de restauración para mejorar las condiciones de vida en las áreas afectadas", subrayó.
Abe llamó a "sacar lecciones del Gran terremoto de Japón Oriental" y prometió "seguir adelante con la construcción de una nación fuerte, capaz de resistir las catástrofes".