"El presidente de PIA, el señor Azam Saigol presentó su dimisión alegando motivos personales", dio a conocer el portavoz a través de Twitter.
La aeronave pakistaní, un ATR-42, despareció de los radares antes de estrellarse cerca de la localidad de Havelian, en el norte del país.
En total había 47 personas a bordo del aparato y no se encontraron sobrevivientes.
Lea más: Avión con 47 personas a bordo se estrella en el norte de Pakistán
El avión podría haber sufrido problemas mecánicos en el motor, según informó el Secretario de Aviación, Irfan Ilahi, citado por medios de Pakistán.
Sin embargo los representantes de la aerolínea nacional declararon que el ATR-42 estaba en buen estado y rechazan la versión de que el motor del avión se incendió antes del accidente.