El Ministerio de Exteriores chino ha aclarado que ambos "son sospechosos de realizar actividades de espionaje".
El portavoz ministerial, Hong Lei, ha defendido que los casos están siendo tratados "con acuerdo a la ley" cuando se le ha preguntado en rueda de prensa por la tardanza en hacerlos públicos.
Más aquí: WikiLeaks desvela que Japón crea entidad para espiar a China y Corea del Norte
La prensa japonesa, citando a fuentes oficiales anónimas, había informado de que ambos son hombres de unos cincuenta años.
También se había publicado en las últimas semanas informaciones sobre sus detenciones, a pesar de que no habían recibido hasta ahora la confirmación oficial.
El portavoz del Gobierno japonés, Yoshihide Suga, ha asegurado en rueda de prensa que ambos fueron detenidos por separado pero ha rechazado dar detalles sobre los cargos a los que se enfrentan.
Tokio, que ha negado llevar a cabo labores de espionaje, ha añadido que están recibiendo apoyo diplomático.
Uno de ellos fue detenido cerca de las instalaciones militares en la provincia oriental de Zhejiang, mientras el otro fue interceptado en la provincia norteña de Liaoning, cerca de la frontera norcoreana.
Es el primer caso de espionaje desde que cuatro japoneses fueron detenidos durante semanas en 2010 en la provincia norteña de Hebei.
Los cuatro, empleados en una compañía constructora japonesa, admitieron haber estado filmando cerca de unas instalaciones militares pero alegaron desconocimiento.
El incidente no ayudará a mejorar las relaciones bilaterales entre las dos mayores potencias asiáticas, lastradas por la mutua desconfianza, las heridas aún sin cicatrizar del imperialismo japonés y las disputas territoriales.