El grupo de 65 detenidos se enfrenta a penas de hasta seis años de cárcel por los cargos de insultos a funcionarios del Estado y por negarse a la dispersión ordenada.
Los estudiantes y activistas fueron conducidos en tres camiones desde la cárcel de Tharrawaddy, cerca de Letpadan, al tribunal.
El convoy iba acompañado de vehículos policiales con personal de seguridad.
BBC News — Myanmar court hearing over student protest clashes http://t.co/spAZYJIae8
— Aung Zaw Min (@BurmaBirma) March 25, 2015
Los detenidos cantaban y saludaban desde el interior de los barrotes a sus familiares, que los recibían con aplausos.
Los familiares, que se enfrentaron a los agentes al no ser permitida su entrada en el recinto judicial, han denunciado los malos tratos que han recibido los detenidos en prisión y la falta de información sobre su situación legal.
Alrededor de un centenar de personas fueron detenidas durante la marcha de protesta del 10 de mayo.
Las autoridades han liberado a 28 estudiantes y dos periodistas mientras investigan su implicación en los hechos, asegura el diario local Global New Light.
Las protestas tenían como objetivo anular una propuesta legal que afecta a la independencia de la docencia y que, en su opinión, centraliza buena parte de las decisiones clave en manos del Gobierno.
Los manifestantes reclaman más poder para las universidades, la legalidad de los sindicatos y clases en lenguas de las etnias minoritarias.
El presidente, Thein Sein, ha defendido la actuación de las fuerzas de seguridad.