Francisco se dirigía en su "papamóvil" a la sede Nunciatura Apostólica, en el centro de la ciudad y a unos 15 kilómetros de la base militar de Catam, en la que aterrizó su avión alrededor de las 16:10 hora local (21:10 GMT) y donde saludó a decenas de víctimas del conflicto armado y a varios de sus familiares.
Desde esta última regresará al Vaticano en la tarde del 10 de septiembre.
La visita de Francisco es la tercera que un pontífice realiza a Colombia.
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El papa busca incentivar la reconciliación del pueblo tras la firma del acuerdo de paz entre el Gobierno colombiano y la ahora exguerrilla FARC, convertida la semana pasada en el partido político izquierdista Fuerza Alternativa Revolucionaria del Común.
La llegada de Francisco se da 31 años después de que el papa Juan Pablo II (1978-2005) visitara 10 ciudades del país en 1986.
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Pablo VI (1963-1978), por su parte, llegó a Bogotá el 22 de agosto de 1968, en la primera visita de una pontífice a un país de América Latina.