El 4 de julio, Duarte ratificó en su tercera comparecencia en un juicio oral en Guatemala que aceptaba la extradición a México, asegurando que no cometió los delitos de los que se le acusa y que era su "deseo acreditarlo así ante el Poder Judicial de la Federación" de su país.
Duarte se negó a aceptar la extradición en la primera audiencia el 20 de abril, pero en la segunda comparecencia la defensa cambió su estrategia y decidió aceptar lo antes posible la extradición el 27 de junio, supuestamente para evitar la imputación de nuevos cargos.
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El 17 de julio de madrugada, Duarte fue trasladado de la cárcel guatemalteca de Matamoros a las instalaciones de la Fuerza Aérea del país centroamericano, según consigna el diario Prensa Libre.
Una investigación independiente de Mexicanos Contra la Corrupción y la Impunidad (MCCI) concluyó en mayo de 2016 que Duarte entregó más de 60 millones de dólares a una red de empresas falsas, entre 2012 y 2014, presupuestados como ayuda a damnificados, según los contratos obtenidos por el organismo ciudadano.
MCCI también descubrió en abril de este año documentos de la fiscalía de Brasil sobre sobornos de la constructora Odebrecht para adjudicarse dos grandes proyectos en Veracruz durante el gobierno de Duarte.
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El político mexicano llegó al cargo por el gobernante Partido Revolucionario Institucional (PRI), que lo expulsó de sus filas en octubre de 2016 tras conocer las acusaciones federales.