Cunha está inmerso de lleno en la trama de corrupción forjada en los últimos años alrededor de Petrobras y acumula varios escándalos.
El Consejo de Ética de la institución consideró que esto rompía el "decoro parlamentar" y los diputados expresaron su acuerdo, con 450 votos a favor, diez votos en contra y nueve abstenciones.
Al margen de este pretexto para apartarle del cargo, la principal acusación que pesa sobre él es haber recibido cinco millones de dólares en concepto de soborno a cambio de apoyar la compra de unos barcos de la coreana Samsung Heavy, lo que le convirtió en imputado en el Tribunal Supremo Federal.
Por parte de Petrobras, Cunha también habría recibido 1,5 millones de dólares como consecuencia de hacer viable la adquisición de parte de un campo de explotación de petróleo en África en 2011.
Las cuentas en las que Cunha guardaba el dinero sucio están en el centro de la polémica, ya que cuando, prestó declaración en la comisión de investigación sobre Petrobras, que tuvo lugar en la Cámara, negó tener ninguna cuenta en el exterior, aunque más tarde se comprobó su existencia.
Una de esas cuentas, vinculada a la offshore "Köpek", es la que utilizaba su esposa, Claudia Cruz, que junto con la hija de ambos, Danielle Dytz, también está acusadas de blanqueo de dinero y evasión de divisas.
Durante los últimos meses Cunha se convirtió en el "villano" más evidente de la crisis política brasileña: las manifestaciones callejeras se llenaban de gritos de "Fora Cunha" a medida que crecían los indicios de corrupción y de que se hacían más claras sus maniobras para derribar a la ex presidenta Dilma Rousseff.
Las peticiones para iniciar la destitución de la presidenta se acumulaban desde hacía meses y Cunha tenía potestad para llevarlas a votación en el plenario, pero solo lo hizo al saber que el PT había decidido investigarle, por lo que los simpatizantes de Rousseff sostuvieron desde el principio que el proceso no fue otra cosa sino un acto de venganza.
Todas las sospechas de corrupción llevaron a que el Supremo dictaminara su suspensión como presidente de la Cámara en el mes de mayo, alegando que Cunha estaba usando su cargo como posición de privilegio para obstruir las investigaciones.
Tras ser apartado de la Cámara —Cunha tenía orden expresa de no pisar el Congreso— en el mes de julio presentó su dimisión como presidente de la Cámara, aunque no como diputado, intentando así conservar su foro privilegiado para que sus casos solo puedan ser juzgados por el Supremo.
Con la casación de su mandato consumada este lunes Cunha pierde ese escudo legal y estará expuesto a las investigaciones del juez Sérgio Moro, de la justicia ordinaria, lo que según muchos analistas podría implicar que entrar en prisión más pronto que tarde.