Según las investigaciones, Cunha se habría beneficiado de la red corrupta a través de la policía federal, Jayme Alves de Oliveira Filho, conocido como "Careca"(calvo en portugués), y que actuaba como asociado al líder y coordinador de la trama corrupta, el inversor Alberto Yousseff.
Basándose en las pruebas presentadas por el Ministerio Público, el Fiscal General de la República, Rodrigo Janot, será el encargado de presentar la investigación contra el diputado en la primera semana de febrero, fecha en la que el Tribunal Supremo Federal (TSF) retoma sus actividades tras el parón festivo de enero.
La aceptación de la investigación judicial por parte del TSF, sin embargo, no supone que Cunha resulte culpado sino que se inician las averiguaciones que determinarán su culpabilidad o inocencia y que podría demorarse durante meses.
Mucho antes, el próximo 1 de febrero los diputados del PMDB en la Cámara baja, con la mayor representación en la misma, votarán previsiblemente a Cunha como nuevo presidente de la instancia menor del Congreso Nacional de Brasil, una circunstancia nunca vista y que podría dejar en evidencia al Gobierno del Partido de los Trabajadores de Dilma Rousseff ya que se trata de su mayor aliado en el Ejecutivo brasileño y el partido de su vicepresidente, Michel Temer.