La jueza de distrito Amy Berman Jackson sentenció a Stone a 40 meses de cárcel por un cargo de obstrucción, 12 meses por realizar declaraciones falsas y 18 meses por manipulación de testigos; las condenas se cumplirán a la misma vez.
Stone recibió 24 meses de libertad condicional y debe pagar 20.000 dólares.
Los cargos tenían relación con la investigación sobre la injerencia rusa en las elecciones estadounidenses de 2016.
En noviembre, Stone fue declarado culpable de siete cargos, incluidos mentir al Congreso sobre sus comunicaciones con la página de divulgación de documentos clasificados WikiLeaks, y por obstruir y manipular a testigos.
El equipo de fiscales del asesor especial Roger Mueller originalmente recomendó una sentencia de hasta nueve años de prisión antes de que el Fiscal General William Barr interviniera para anular el período de prisión propuesto.
La intervención de Barr, que se produjo después de que Trump criticara en Twitter la recomendación, causó una controversia generalizada y llevó a que los cuatro fiscales de su oficina involucrados en el caso se retiraran en protesta.
Durante una entrevista televisiva, Barr dijo que los tuits del presidente hacen que sea casi imposible que el fiscal general haga su trabajo.
Trump no ha descartado un indulto para Stone, según el presentador John King, de CNN, quien citando fuentes no identificadas dijo recientemente que el exasesor podría ser perdonado "bastante rápido".
