La aeronave llegó sobre las 9.20 hora local (12.20 GMT) al Aeroparque Metropolitano Jorge Newbery, y los restos serán transportados a la Morgue Judicial en breve.
Se espera que la autopsia se realice este mismo 19 de octubre.
El miércoles 18, el antropólogo Alejandro Incháurregui, quien actúa como perito de la familia, afirmó el cadáver hasta ahora no ha sido identificado como Maldonado.
"Ese cuerpo no ha sido identificado hasta el momento, las ropas (que llevaba) y un DNI (documento nacional de identidad de Maldonado) no implican de ninguna manera la identificación del fallecido", afirmó.
La desaparición de Maldonado ha sido un tema candente en la actual campaña electoral para las elecciones legislativas del domingo 22.
El hallazgo del cuerpo apenas días antes de los comicios ha dado lugar a todo tipo de suspicacias.
En un operativo posterior, y perseguidos por la fuerza federal, miembros de la comunidad ingresaron en las tierras adquiridas por la corporación Benetton y que los mapuches reclaman como propias, por ser uno de los primeros asentamientos de pueblos indígenas de la región.
Durante todas estas semanas, el Gobierno mantuvo su reticencia a reconocer la responsabilidad de la Gendarmería, fuerza federal bajo la órbita del Ministerio de Seguridad que conduce la ministra Patricia Bullrich.
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Hasta el pasado 22 de septiembre, la investigación estuvo a cargo del juez federal Guido Otranto, recusado por la familia de la víctima y apartado por la Cámara Federal de Comodoro Rivadavia, ciudad de Chubut, por falta de imparcialidad.