Al menos 54 personas, entre ellas un civil y 53 militares, murieron tras un ataque de los radicales contra una posición de las Fuerzas Armadas de Malí (FAM) en la zona de Ménaka (este).
"Nuestros pensamientos están con las víctimas y sus seres queridos", dice el comunicado publicado en la página web del Servicio Europeo de Acción Exterior (SEAE).
La Unión Europea reiteró su apoyo al Gobierno y al pueblo de Malí en la lucha contra la violencia.
"Continuamos apoyando a Malí para que se restablezca la plena autoridad del Estado en todo el territorio del país, para garantizar su desarrollo y la prosperidad de sus ciudadanos", dice la nota.
La estabilidad de Malí y, en general, del Sahel "es una prioridad tanto para la UE como para nuestros socios africanos", dice el comunicado.