El incidente tuvo lugar después de que las autoridades detuvieran al líder opositor Soilihi Mohamed, quien perdió las elecciones presidenciales del pasado 24 de marzo, de las que salió victorioso el mandatario actual Azali Assoumani.
Daoudou señaló que los muertos son dos agentes de la policía y uno de los atacantes.
Otras dos personas resultaron heridas.
El ministro comorense aseguró que la situación está bajo control.
De acuerdo con los datos de la RFI, detrás del tiroteo está Faissoil Abdoussalam, excomandante del Ejército condenado en diciembre pasado a cadena perpetua por acusaciones de golpe de Estado y quien escapó de la cárcel este jueves, apoyado por sus seguidores.
Según el medio, Abdoussalam atacó la base militar para apoderarse de más armas.