"El Gobierno acaba de frustrar un mal intento de desestabilización del país", denunció el mandatario por la televisión nacional, citado por BBC.
Se sospecha que la intentona fue dirigida por el general Souleymane Salou y apoyada por otros altos cargos militares como miembro de la guardia presidencial, el coronel Issa Amadou Kountché.
Al menos cuatro oficiales militares ya han sido arrestados.
Issoufou afirmó que los conspiradores planeaban usar "potencia de fuego aéreo" para derrocar el régimen "democráticamente electo".
El presidente actual de Níger fue elegido en 2011 y puso fin al gobierno militar. Poco después, diez altos cargos militares fueron detenidos por atentado a su vida.
Se prevé que Issuofou y su partido sean favoritos en las próximas elecciones presidenciales y legislativas en Níger, programadas para febrero del año que viene.