No obstante, las principales sospechas de las autoridades mexicanas han recaído sobre Tomás Zerón, extitular de la Agencia de Investigación Criminal (AIC) de la extinta Procuraduría General de la República (PGR, actualmente FGR), así como sobre el exprocurador Jesús Murillo Karam, ambos principales responsables de la investigación sobre los hechos ocurridos en el municipio de Iguala el 26 de septiembre de 2014.
El 27 de enero de 2015, Murillo Karam aseguró ante la opinión pública que los normalistas fueron secuestrados por integrantes de la organización criminal Guerreros Unidos, quienes posteriormente quemaron sus cuerpos en el basurero municipal de Cocula, de Guerrero.
El procurador denominó a esa narrativa la Verdad Histórica, al tiempo que concluyó la investigación a pesar del rechazo de esta versión por parte de los padres de los jóvenes desaparecidos, e igualmente de los investigadores que formaron parte del Grupo Interdisciplinario de Expertos Independientes (GIEI).
En 2016, un reportaje publicado por Mexicanos Contra la Corrupción y la Impunidad denunció que durante el periodo de Murillo Karam como procurador, tres empresas de su familia fueron beneficiadas con contratos de obra pública por 4.625.952.122 pesos (203 millones de dólares) por parte de la Secretaría de Comunicaciones y Transportes (SCT). Actualmente, este caso es investigado por la Unidad de Inteligencia Financiera (UIF).
En septiembre de 2019 el exprocurador mexicano aseguró a los medios que aprobaba la reapertura de las investigaciones sobre la desaparición de los normalistas por parte del Gobierno de Andrés Manuel López Obrador. Incluso, pidió castigo para los responsables de haber violado cualquier procedimiento durante las indagatorias.
Así, en enero de 2020, el subsecretario de Derechos humanos, población y migración, Alejandro Encinas, informó que serían llamados a declarar varios exfuncionarios y nuevos actores sobre la investigación de la PGR del caso Ayotzinapa. Entre los mencionados se encontraba el exprocurador Jesús Murillo Karam.
En marzo, dos agentes de la extinta Policía Federal mexicana —hoy parte de la Guardia Nacional— fueron detenidos tras ser acusados de haber torturado a varios detenidos vinculados al caso Ayotzinapa. Las torturas, según la FGR, sirvieron para extraer confesiones que permitieron montar la Verdad Histórica defendida por Murillo Karam.
Tras esto, los padres de los normalistas se reunieron con el presidente López Obrador y el presidente de la Suprema Corte de Justicia de la Nación (SCJN), Arturo Zaldívar, para solicitarles que el Gobierno procediera penalmente contra Murillo Karam y Tomás Zerón de Lucio, titular de la Agencia de Investigación Criminal (AIC), a quien se giró una ficha roja en la Policía Internacional (Interpol) tras huir de México.
Sobre esta acusación, el diario El Universal aseguró que el dinero fue repartido entre 189 informantes. Asimismo, estableció que uno de los pagos se hizo a un colaborador del entonces gobernador de Veracruz, Javier Duarte de Ochoa, actualmente detenido por haber operado con recursos de procedencia ilícita y por asociación delictuosa.
El dinero era parte de la partida destinada a los Gastos de Seguridad Pública Nacional entre 2013 y 2014, aunque según los documentos divulgados, sólo se asignaron y justificaron 144.586.622 pesos (6,3 millones de dólares), ya que ninguno de los gastos reportados se acompañó de alguna factura o recibo, además de que existen evidencias de que el dinero fue utilizado en conceptos distintos a los asignados oficialmente.
La versión oficial indicaba que los cuerpos de los estudiantes habían sido hallados a 800 metros del basurero, en el municipio de Cocula. Con los resultados de la investigación llevada a cabo por la Universidad de Innsbruck, se desmiente la versión de los hechos difundida en el sexenio de Enrique Peña Nieto, conocida como la Verdad Histórica.
