Las detenciones se produjeron en respuesta a las protestas que se han extendido por la Franja contra la carestía de la vida.
Hamás y Fatah mantienen una fuerte rivalidad. La organización islamista manda en la Franja de Gaza desde 2007 mientras que Fatah controla partes de Cisjordania bajo la supervisión de Israel.
El CIDH acusa a Hamás de "violar el derecho a participar en reuniones pacíficas" y de actuar violentamente contra los manifestantes.
"Elementos de los servicios de seguridad de Hamás vestidos de civil, así como policías uniformados, armados con porras y bastones, atacaron a los manifestantes y les dispararon para aterrorizarlos. Hay casos de manifestantes a quienes les rompieron las piernas", dice un comunicado del CIDH.
La precaria calidad de la vida en la Franja de Gaza se ha visto agravada recientemente, lo que ha provocado las protestas.
La Franja sigue estando bloqueada por Israel, que solamente permite la entrada de bienes con cuentagotas.