La renuncia "obedece a motivos de salud que le impiden continuar desempeñando el cargo", dijo el banco en un comunicado sobre uno de sus cuatro subgobernadores, que dejará su cargo un día antes de la asunción del próximo Gobierno.
El funcionario, un abogado de 68 años, fue director general adjunto del banco central desde 1973 hasta 1994, año en el que una reforma constitucional le otorgó autonomía al Banxico.
Cueto ocupó el cargo de subgobernador desde julio de 2007, por un decreto aprobado por el pleno de la comisión permanente del Congreso.
La renuncia fue divulgada un día antes del último informe de política monetaria del mandato de Enrique Peña Nieto, en el que el banco podría elevar las tasas de interés.
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Además, con este alejamiento, el presidente electo Andrés Manuel López Obrador podrá designar a tres de los cinco miembros de la Junta de Gobierno del banco central en un lapso de dos años.