El plebiscito fue marcado por la baja participación de un 36,3%, según los datos preliminares, inferior al 50% requerido.
"Hoy hemos observado un éxito de la democracia, un éxito de una Macedonia europea, fue un éxito del país y de todos sus ciudadanos", dijo Zaev al término del referéndum.
Según el primer ministro, más de un 90% de los votantes considera que Macedonia debe aceptar el acuerdo con Grecia y unirse a la OTAN y la Unión Europea.
Por su parte, el líder del principal partido opositor VMRO-DPMNE, Hristijan Mickoski, quien boicoteó el referéndum, afirmó que "el pueblo dijo 'no' a las manipulaciones de las autoridades actuales con la OTAN y la UE".
"Es una derrota no solo para el acuerdo con Grecia, sino para los criminales en el poder", resaltó al añadir que "Zaev y su Gobierno perdieron la legitimidad".
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Los cancilleres de Grecia y Macedonia en junio pasado firmaron el acuerdo sobre el cambio del nombre constitucional del país que pasaría a llamarse República de Macedonia del Norte después del referéndum consultivo del 30 de septiembre.
Los dos países llevan ya más de 25 años sumidos en el conflicto sobre el nombre de la antigua república yugoslava, que coincide con el nombre de una región griega.
El cambio del nombre debe permitir a Macedonia entrar en la OTAN y la UE.