Ambos líderes celebraron un encuentro al margen del IV Foro Económico Oriental (EEF, por sus siglas en inglés) que acoge la ciudad rusa de Vladivostok del 11 al 13 de septiembre.
"Las relaciones entre nuestros países avanzan gradualmente y por primera vez esto atañe a la colaboración entre nuestros departamentos militares", dijo el mandatario ruso.
Putin destacó también el desarrollo de los nexos humanitarios.
Abe, por su parte, propuso abordar la firma del tratado de paz, un tema pendiente desde 1945.
Durante décadas, Tokio ha condicionado la suscripción de este documento a la recuperación de las islas Iturup, Kunashir, Shikotan y Habomai, escudándose en el Tratado Bilateral de Comercio y Fronteras que firmó con Rusia el 7 de febrero de 1855.
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Previamente a la reunión Putin y Abe presenciaron en Vladivostok la inauguración de la planta de motores para los vehículos Mazda.
Está previsto que la fábrica que pertenece a la empresa mixta de Mazda y Sollers, su socio local, produzca 20.000 unidades anuales.