Nadal se retiró tras el segundo set cuando Del Potro se imponía por 7-6 (7-3) y 6-2.
El argentino se enfrentará en la final con el vencedor del duelo entre el serbio Novak Djokovic y el japonés Kei Nishikori.
Nadal triunfó en el US Open el año pasado y también en 2010 y 2013, mientras que el argentino ganó el torneo en una ocasión, en 2009.
El Abierto de EEUU finalizará el próximo 9 de septiembre.
