Las puertas de la Fundación de Información Juvenil Elías aparecieron el 19 de abril con la orden firmada por Lieberman.
Esta semana Lieberman acusó de "terrorista" a la fundación en Twitter.
Ahmed Safadi, director de la fundación, manifestó su "sorpresa por esta decisión inusual".
"Como institución de Jerusalén, deploramos la decisión y la consideramos un intento de silenciar la voz de la verdad en Jerusalén", añadió Safadi.
El director de la fundación considera "inaceptable" una decisión que "carece de justificación" y que atenta contra la libertad de los palestinos en Jerusalén Este.
Safadi dijo que muy probablemente la fundación recurrirá ante los tribunales israelíes.
Israel cerró en los últimos años decenas de instituciones palestinas privadas que operaban en el sector ocupado de Jerusalén.