El accidente ocurrió a unas nueve millas al noreste de la isla de Esciros, cuando el avión se preparaba para aterrizar.
La última señal de la aeronave fue recibida a las 12:15 (9:15 GMT). Por el momento se desconoce la suerte del piloto.
Más tarde el ministro de Defensa griego, Panos Kammenos, confirmó la muerte del piloto del caza Mirage 2000-5 de las Fuerzas Aéreas griegas.
"Un piloto griego entró en el Panteón de los héroes, murió por la Patria y por la religión, defendiendo la soberanía nacional y la integridad territorial del país", publicó hoy Kammenos en su cuenta de Twitter.
El titular griego destacó que todo el país "llora" la muerte del piloto, y expresó sus condolencias a los familiares del oficial y a todos los miembros de las Fuerzas Aéreas griegas.
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Kammenos decretó tres días de luto en las Fuerzas Armadas nacionales por el fallecimiento del piloto.
El primer ministro griego, Alexis Tsipras, expresó sus condolencias por la catástrofe.
"Hoy perdemos a un buen piloto de nuestra aviación militar, que murió cumpliendo su deber profesional, es un gran dolor para todos, nuestros pensamientos están con su familia y sus colegas, en nombre del Estado griego expreso mi profundo agradecimiento y condolencias sinceras", dice la nota de Tsipras.
Por el momento se desconocen las causas de la tragedia, pero para investigar el caso fue creada una comisión especial.