El político catalán ha sido trasladado a una furgoneta, a la espera de que las autoridades judiciales decidan si lo extraditan a España o no.
El consejero legal añadió que "el trato ha sido correcto en todo momento".
El Gobierno español también confirmó el arresto de Puigdemont tras ser informado por las autoridades alemanas y la Fiscalía anunció que ya está trabajando para su extradición.
"La detención es consecuencia de la petición cursada por la justicia española e irá seguida de los trámites habituales en el sistema europeo de cooperación policial y judicial", dice el comunicado del Gobierno.
El dirigente independentista se trasladó en octubre de 2017 a Bélgica para evitar su posible detención por parte de las autoridades españolas, luego que la Justicia lo acusase de alentar desde su cargo un movimiento de "insurrección activa" con el objetivo de proclamar la independencia de Cataluña, y recientemente había viajado a Suiza y Finlandia.