Llarena acordó estas medidas después de tomarle declaración el 19 de febrero como investigada por un delito de rebelión.
La diputada quedó en libertad bajo fianza ya que el juez consideró que no había riesgo de fuga.
El auto señala que la responsabilidad política de Rovira "tuvo una función decisoria en la concepción y el la ejecución de un proceso soberanista que fue el centro de la actividad política durante la legislatura".
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La dirigente aparece en varios documentos, en los que "se refleja la participación de la investigada en diversas reuniones totalmente ajenas a su portavocía parlamentaria".
A estos indicios de responsabilidad penal el magistrado suma que Rovira "impulsó personalmente" la ley del referéndum y la de transitoriedad política y fundación de una república catalana "cuando su prohibición por el Tribunal Constitucional era notoria".
"Y por último, entre las evidencias más marcadas, las indagaciones recogen diversas conversaciones telefónicas en las que se aprecia que la investigada participaba, con una clara capacidad decisoria, en la organización y provisión de los centros de votación en los que pretendía celebrarse el referéndum que debía conducir a la declaración de independencia", concluye.