Las diferencias entre las religiones ortodoxa y católica comenzaron en el siglo IV después de Cristo y condujeron al Gran Cisma de 1054 cuando las dos iglesias se separaron.
En aquel momento la Iglesia Ortodoxa rusa pertenecía al Patriarcado de Constantinopla.
Desde finales del siglo XVIII hasta 1917 en Rusia funcionó una nunciatura papal (embajada) y el papa fue considerado jefe de los católicos rusos en virtud del concordato (tratado entre Rusia y el Vaticano) de 1847.
En 1866, Rusia rescindió unilateralmente el concordato y desde entonces los obispos católicos fueron nombrados por el emperador ruso de acuerdo con el papa.
Después de la Revolución de Octubre de 1917 el clero católico se vio afectado por un decreto sobre la separación de la iglesia del Estado y de las escuelas.
Las relaciones entre las dos Iglesias alcanzaron un nuevo nivel después del Concilio Vaticano II en 1962-1965, en el cual la Iglesia ortodoxa fue oficialmente reconocida por la católica, lo que permitió establecer en 1980 un diálogo oficial bilateral.
Un deterioro de las relaciones se produjo a principios de los años 90: uno de los principales problemas fue el proselitismo católico en el territorio ruso y el otro, la tensión entre los ortodoxos y los griego-católicos en Ucrania.
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Estos asuntos no resueltos fueron la razón por la que el papa Juan Pablo II nunca visitó Rusia ni se reunió, como estaba previsto, en 1997 con el patriarca ruso de entonces Alejo II.
Actualmente, además del diálogo con la mediación de la nunciatura, se mantienen contactos directos al más alto nivel entre el presidente del Pontificio Consejo para la Promoción de la Unidad de los Cristianos, el cardenal Kurt Koch, y el presidente del Departamento de Relaciones Eclesiásticas Exteriores del Patriarcado de Moscú, el metropolitano Ilarión.
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A la vez, se está desarrollando la cooperación con el Pontificio Consejo para la Cultura, en la que participan los jerarcas ortodoxos.
Durante el año 2016 se llevaron a cabo varios proyectos conjuntos en el marco de la cooperación cultural de las Iglesias, entre ellos la exposición "Roma Aeterna" que reunió obras maestras de los museos vaticanos en la Galería Estatal Tretiakov de Moscú y fue visitada por más de 163.000 personas.
Entre mayo y julio de 2017 llegó a Rusia una reliquia de San Nicolás de Bari, honorada por casi 2,5 millones de peregrinos.
